В 1925 году о. Амфилохия назначают Наместником Пещеры Апокалипсиса. Целое десятилетие жил он в том месте, где говорил Бог. Под трехчастной расщелиной освященного камня совершал литургию, исповедовал и просвещал множество приходивших к нему людей. Около него находили исцеление не только душ, но и тел. Множество чудес совершалось по его молитвенному ходатайству к ап. Иоанну Богослову. Об исцелении двенадцатилетней девочки, страдавшей водянкой, он часто сказывал. Со скорбью и слезами привезла ее мать в святую пещеру: «Старче, спаси дитя мое. Я приехала из Малой Азии. Попроси Богослова, чтобы утешил меня, страждущую». Старец принял их с состраданием и решил служить Литургию на следующий день. Однако он не стал ждать Литургии, чтобы попросить Наперсника Христова. Оставшись один, он пал на колени и с горячими слезами молился Апостолу Любви о немедленной помощи. Около полуночи мать увидела во сне Богослова, который направлялся к кровати ее дочери. Он снял одеяло с больного ребенка и ланцетом сделал разрез на животе. Сразу же вылилось множество воды. Потом он осторожно вынул внутренности, почистил их и вложил обратно. После чего взял иголку и зашил разрез. Окончив, перекрестил шов и исчез. Мать, проснувшись, в изумлении и страхе подбежала к своему ребенку. Девочка действительно исцелилась, а в подтверждение чуда остался шрам. Утром, когда о. Амфилохию сообщили об этом, он сказал: «Сейчас будем служить Литургию, но не для того, чтобы просить Богослова, а чтобы поблагодарить».
Вместе с духовным приношением новый Наместник заботится и о благоустройстве св. Пещеры и места вокруг нее. Он приводит в порядок комнаты, сажает деревья, в основном сосны и кипарисы, которые и до сих пор радуют всех своей зеленью. В жизни Старца всегда гармонично сочетались созерцание и деятельность.