Образы преподобных отцов-святогорцев оставили неизгладимый след в памяти о. Амфилохия. Это благодатное пребывание на Афоне еще больше разожгло в нем Божественную любовь. Он не уставал от продолжительных богослужений и ощущал непередаваемую радость от них. Его редко видели сидящим — и то только во время чтения. Всегда неутомимый и внутренне собранный, о. Амфилохий не упускал ни одного слова умилительных канонов и других молитвословий нашей Церкви. Его ежедневная пища — имя Иисусово — постоянно поддерживало огонь и тишину в сердце.
Эти напряженные усилия внутреннего делания не ускользнули от внимания игумена Агафангела. Посоветовавшись со всей братией, он решил возвести монаха Амфилохия на первую степень священства. В мае 1913 года ему сообщили об этом решении и отправили на Кос, чтобы местный митрополит рукоположил его во диакона. Однако глубокое смирение и чувство своего недостоинства для восприятия такого великого служения, а также заветное желание жить в Святогробском братстве и быть Хранителем Святого Гроба заставили его изменить маршрут. С полдороги, т.е. с Калимноса он отправляется в Святую Землю, нисколько не заботясь о том, что не имеет необходимых средств. Две золотые монеты в 20 франков — это все, что было у него в кармане. Отсутствие денег вовсе не занимает ум ревностного монаха. Горячее стремление, захватившее все внутри, помогает не чувствовать трудностей первого в его жизни столь далекого путешествия.
Отец Амфилохий остановился в Египте. В раздумье он сел на камень, не зная, куда направиться и у кого просить помощи. Монах ожидал Божественного Промысла, который все устроит, — и Промысл не замедлил явить себя. Какой-то человек подошел к нему и спросил: «Ты откуда?» «С Патмоса», — ответил он. Вскоре незнакомец узнал в нем своего дальнего родственника и взял к себе в дом. Его заботами решились все трудности и путешествие на Святую Землю продолжилось.
Затрепетало сердце, когда прибыл он к пределам Палестины, и потекли слезы при виде святых мест, где ходил, молился, учил, миловал страждущих и исцелял больных Христос Избавитель наш.
Со священным волнением вошел о. Амфилохий в Кувуклию, ко Святому Гробу, с благоговением приклонил колена и коснулся головой мраморной доски, которая покрывает Гроб, на три дня принявший Творца и Создателя всяческих; рыдая, монах благодарил Спасителя, целовал и обливал слезами освященную плиту. Он напряженно и внутренне и внешне чувствовал присутствие Жениха, восходя умом в духовный мир, в селение небесных чинов, туда, где поклоняются Господу и Богу во всей славе небесные силы. С болью просит он об исполнении своей сокровенной мольбы: «Иисусе мой, восставь оплоты Церкви Твоей. Дыхание Святого Духа да воздвигнет вновь училища добродетелей, которые так прославили Твое Пресвятое имя в первые века христианства. Воспламени души молодых, чтобы последовали Тебе, чтобы предались Тебе всецело. Сподоби меня увидеть на острове возлюбленного Твоего Ученика обитель дев, цветущее место духовного поклонения Твоему имени».
Поклонившись Святому Гробу, будущий старец со священным трепетом поднялся по лестнице, ведущей на Голгофу — жертвенник Божественной Любви. Казалось, он слышал удары молота, без милосердия пригвоздившего кроткого и любящего Спасителя мира. Оскорбления, оплевания, заушения в живых красках предстали пред глазами. Его словно парализовало, когда он размышлял о том, что здесь, «посреди двух разбойников», подняли на крест Господа. Теперь подвижник молился с болью и сокрушением, умом участвуя в скорбях, унижениях и страшной крестной жертве. «Освяти, Господи, путь крестоношения монахов Твоих», — было одним из последних его прошений. Величие и таинственность святых мест, которые являют все события Божественного домостроительства, на три дня удержали о. Амфилохия в храме Воскресения.
Вторым местом его паломничества после Святого Града стала Пещера Рождества — единственное пристанище, которое нашлось для Христа в Вифлееме в ту великую ночь. Монах с умилением поклонился Святым Яслям, очами души созерцая Божественного Младенца в объятиях смиренной и непорочной Девы, праведного обручника Иосифа, который в изумлении смотрит на неизъяснимое таинство Божественного снисхождения.
За сорок дней пребывания на Святой Земле о. Амфилохию удалось посетить все святые места — часто из-за нехватки денег он переходил пешком. Как жаждущий олень прошел он Иорданскую пустыню и достиг места явления Святой Троицы. Подвижник омылся в освященных водах благословенной реки и на берегу, по которому ступал Господь, с юношеским воодушевлением спел все последование великого водоосвящения.
Он стремился посетить все монастыри, чтобы вдохнуть благоухание отеческой святости.
Завершив свое паломничество по святым местам, о. Амфилохий пришел в Патриархию — он горячо желал стать хранителем Святого Гроба и через Патриарха просил благословения своего монастыря. Игумен и братия, однако, отклонили прошение и потребовали, чтобы он немедленно вернулся.
Настал день отъезда. Монах Амфилохий со скорбью в сердце оставил Иерусалим и возвратился к себе на остров — уставший, обгоревший на солнце, исхудав4 ший от ежедневных переходов и трудностей путешествия (его ежедневным питанием были хлеб и соленые овощи).
Игумен и отцы монастыря приняли! его строго и в качестве наказания за непослушание отправили на два года в аскитирий о. Аполлона к старцу Макарию Самосскому, послушнику о. Аполлона. Это наказание подействовало благотворно как на пошатнувшееся здоровье ревностного монаха, так и на его дух. Рядом с прозорливым старцем Макарием о. Амфилохий упражнялся в делании монашеских добродетелей. Весь его внутренний человек радовался, так как обрел то, чего желал. В полном безмолвии изучал подвижник свое любимое «Добротолюбие» и с благоговением повторял имя Сладчайшего Иисуса.