Горячий патриотизм о. Амфилохия с давних пор раздражал захватчиков, и они неоднократно пытались удалить его с родины. Борьба усиливалась с каждым днем. Глубокая вера Старца была источником его непобедимого мужества. В трудные минуты он взывал с Псалмопевцем: « На Бога уповах, не убоюся, что сотворит мне человек»16. Ослабевали действия темных сил и их орудий.
Итальянские карабинеры подозревали в нем опасного бунтаря. Высокий и стройный, полный спокойствия монах терпеливо и твердо смотрел на Грассини в ожидании своего приговора. Итальянец трижды тщетно пытался подписать его ссылку в Кассино в Италии. Трижды ломалось перо! Его вопросительный, полный удивления взгляд устремился на осужденного и через несколько секунд опустился побежденным. Нет воли Божией на ссылку в Италию. Вопрос, однако, должен быть решен властями Родоса. Отец Павел, один из братии монастыря, наиболее преданный Старцу, с большим трудом получил отпуск у нового игумена и приехал на Родос, чтобы позаботиться о своем духовном отце. Заступлением и помощью ап. Иоанна Богослова и прп. Христодула удалось устроить ссылку Старца в Грецию, а не в Италию.
В Афинах о. Амфилохия приютило братство «Зои», и он принял на себя обязанности духовника. Неутомимый труженик благовестия путешествовал по свободной Греции, пользуясь примитивными средствами передвижения того времени. Добрался до Янины и Салоников, затем до Крита, где епархиальный синод назначил его старшим духовником острова. Сотни душ получали около него духовное исцеление. Период ссылки стал для него и ценной возможностью завязать близкие отношения с важными лицами и сообщить им о национальной борьбе порабощенных Додеканисских островов.
Ссылка закончилась в 1939 году, когда еГ0 с радостью встречал весь Патмос и особенно осиротевшие сестры Благовещенского монастыря.