Пламенное сердце о. Амфилохия ежедневно славословило и благодарило Бога за таинственные радости и духовные наслаждения ангельского жития. Но он чувствовал, что будет отвечать пред Богом, если не попытается привести и другие души на пажити Святого Духа. Еще будучи простым монахом, он организовал маленькие сестричества, которые распространяли аромат христианского благочестия на ДоДеканисских островах, находившихся тогда под властью Италии. Его никто не понимал. Однако ни отсутствие едим мышленников, ни экономические трудны сти не остановили его первых шагов в это) великом деле. У него была твердая, как адамант, вера в то, что Господь поможет.
Отец Амфилохий начал с покупки каменистого склона в южной части Патмоса у подножья горы пророка Илии. Над ним смеялись, когда он стал сажать сосны вокруг церковки Преображения Господня.) Жители Патмоса были твердо уверены, что невозможно развести деревья на таком сухом острове и особенно на этом месте. Но позже, когда увидели, что деревья принялись, изменили свое мнение и сами же назвали сосенки «амфилохиями» в память о том, что первый, кто принес на Патмос эти деревья, был о. Амфилохий. Любовь к природе, к творению Божию а особенно к деревьям, была отличительной чертой Старца. Он любил отдыхать в тени деревьев. «Слышишь, сосна говорит со мной, — сказал он как-то одной из сестер монастыря, — это мой друг, я отдыхаю рядом с ней». Это дерево засохло в год кончины Старца. От исповедующихся он требовал, чтобы они в знак покаяния  посадили дерево: «Кто сажает дерево, сажает надежду, сажает мир, сажает любовь, и на нем благословение Божие». Христианин, человек облеченный во Христа, призван, по мнению Старца, беречь природу и украшать окружающую среду. В то время как люди, «земно мудрствующие» (фил. 3; 19), лишенные боготканной одежды благодати, обнажают и природу, разрушая и засоряя все вокруг себя.
В 1917 году вслед за первыми сосенками, к великой радости о. Амфилохия, на склоне горы появились и две кельи. Начало положено, не может Бог не благословить смиренного труженика, его чистого и горячего желания. Отец Амфилохий любил посещать эту пустынную гору и часто говорил своей сестре: «Однажды увидишь здесь, Калиопия, множество монахинь, молящихся Богу». Можем себе представить, какими горячими слезами поливал он эту землю, чтобы работа его продвигалась с таким удивительным успехом.
Через два года, в 1919 году, игумен монастыря благословил о. Амфилохия на первую степень священства, чего он избегал с таким смирением и благоговением. 27 января на о. Кос митрополит Агафангел Рукоположил его в сан диакона в соборе свт. Николая.
Исполненный сочувствия к ближнему, о. Амфилохий стремился передать радость спасения, которую чувствовал сам, многим Другим. Господь предоставил ему благоприятный случай, чтобы явилось богатство его внутреннего человека сразу же после хиротонии. На Косе он встретил одного турка, который уже несколько лет хотел стать христианином и искал помощи в этом деле. С этой просьбой Юсуф обратился и к о. Амфилохию. От всей души новорукоположен-ный диакон начал святое дело обращения души ко Христу. Не взирая на расходы и опасности, он взял Юсуфа с собой на парусник тайно от его семьи. 30 января они прибыли на Родос. Отец Амфилохий просил митрополита Апостола помочь в этом великом таинстве. Однако владыка по неизвестным причинам не смог ничего сделать.
Отец Амфилохий вернулся на Патмос, и первая его служба в соборе монастыря пришлась на Неделю Православия. С глубоким благоговением предстоял диакон у святого жертвенника и черпал сверхъестественную силу от непосредственной близости закланного Агнца. Он просил, чтобы дана была ему благодать всегда входить в святые «селения Господни», как в первый раз. Все, кому посчастливилось видеть его за богослужением, отмечали этот бесценный дар Божественной благодати, который Старец имел до конца жизни.
На Светлой седмице в том же году Юсуф опять появился и снова просил крещения. На этот раз события развивались самым благоприятным образом. Его огласили, и в Светлую Субботу в Пещере Апокалипсиса в священных водах купели он получил имя Иоанна Пещерника в честь ап. Иоанна Богослова.
Но молодой диакон чувствовал, что не исполнил всего долга пред новокрещенным братом, и всячески пытался устроить его жизнь. Он искал помощи у своих знакомых, но безрезультатно. Тогда о. Амфилохий пошел на новые жертвы: вместе с Иоанном он отправился в Афины, и Господь вознаградил его усилия. Он представил новокрещенного капитану Минораки, который принял его в жандармский корпус.
Удовлетворенный тем, что устроилась судьба Иоанна, о. Амфилохий продолжил путешествие и прибыл в Каламатуь, чтобы исполнить еще одно свое желание — встретиться с Георгием Панагулаки, настоятелем одного аскититрия. Он жил по их уставу одну неделю и подобно трудолюбивой пчеле собирал все ценное, что увидел.
Все свои выходы из монастыря о. Амфилохий считал благоприятной возможностью передать другим радость христианства. Одновременно он приобретал и для себя ценный опыт общения с духовными людьми.