С годами росли любовь и горячее стремление Афанасия к жизни высшей. Его не занимали обычные юношеские I мечты. Перед ним открывалось чистое и !| светлое пространство жизни, центром которой был Свет Истины — кроткий и смиренный Иисус. К семнадцатилетнему возрасту он осознал это стремление как призыв к монашеству. Благочестивые родители не препятствовали его решению, в отличие от того, как это часто, к сожалению, случается сейчас, и с их благословения в марте 1906 года он был принят послушником в монастырь св. Иоанна Богослова.
В церкви он получал особое удовлетворение от всенощного пения. Его юношеское сердце испытывало настоящую радость, потому что ощущало всегда живое присутствие «Белокурого Назарянина», как обычно называл он Господа, с Которым беседовал часами. Юный послушник переживал первые «праздники сердца», изобильно питавшие всю его сущность духовной сладостью. Через много лет Старец и духовник Благовещенского монастыря скажет своим духовным дочерям: «Мы должны, дети мои, прежде уверовать внешне, что Господь присутствует, чтобы говорить с Ним охотно, чтобы прославлять Его с благоговением и смирением». Его попечение распространялось и на мирян: «Возлюби Единого, — говорил он посетителям, — чтобы полюбили тебя и ты полюбил всех». Он хотел, чтобы эти мгновения небесной радости испытали все его чада.   
Афанасий не упускал возможности поучиться. Почти наизусть выучил он Священное Писание и наслаждался отеческими сочинениями богатой монастырской библиотеки. Поначалу его затруднял язык Древних рукописей. Однако это вызывало только большее желание постичь таинственные тексты. Он систематически занимался ими и питал свою душу наставлниями Святых Отцов. Аскетические писания св. Василия Великого трогали его больше всего.
27 августа того же года его постригли в рясофор с именем Амфилохий. Сердце новопостриженного преисполнилось благодарностью ко Господу за столь почетное призвание. С этого момента его жизнь стала примером для всей братии монастыря. В глубине души он знал, что путь, который он избрал — это путь жертвы и самоотвержения. Новопостриженный монах старался тщательно выполнять все свои, обязанности и изыскивал возможность послужить ближним. Почтенные старцы с радостью и облегчением много раз наблюй дали, как молодой доброволец Амфилохий поднимает кувшины с водой к их кельям.
Особую радость доставляло ему возложенное на него послушание — посещать подвижника Феоктиста. Там, в пустынной пещере, он получал подлинные уроки делания Иисусовой молитвы. Она стала его каждодневным поучением, источником мужества, терпения и силы в духовной брани.
Отец Амфилохий, кроткий и приятный в обращении со всеми, был, однако, суров в борьбе со своим ветхим человеком. Его иногда беспокоила юношеская привычка смеяться. Но он не давал себе страсти свободно действовать под всяким благовидным предлогом. Компромиссы не удовлетворяли подвижника. Каждую страсть, читал он у Св.Отцов , надо искоренять в самом начале, пока корни её ещё малы, - и применил это правило к смехотворству. Он назначил себе 100 земных поклонов за каждый раз, когда смеялся чрезмерно. Однажды ночью он делал столько земных поклонов, что его прервал только звон колокола в 2-30 на утреннюю службу.
Его ревность к самоисправлению и подвижничеству не ограничивалась только годами послушничества. Будучи наместником Пещеры Апокалипсиса, он в течение 20 лет не ложился в постель нормально, т.к. вместо кровати у него была деревянная доска короче его тела, и он запрети своей сестре Калиопии, которая это знала рассказывать об этом кому-либо.